Данганронпа 3: Конец школы надежды — Отчаяние

После событий, описанных во второй части, мир медленно восстанавливается после Великой Трагедии. Будущее Фонда, основанного учениками, висит на волоске, а его лидер, Макото Наэги, и его соратники оказываются захвачены людьми в масках. Их обвиняют в предательстве и пособничестве «Отчаянию». Для их спасения формируется отряд, куда входят ветераны из первого и второго классов, а также новые лица. Однако ситуация обостряется, когда появляется загадочная девушка по имени Митарай, которая, кажется, знает ключ к разгадке происходящего.

Тем временем в параллельной сюжетной линии разворачивается история «Трилогии об отчаянии», показывающая события, приведшие к мировой катастрофе. Зритель становится свидетелем последних дней жизни Джунко Эношимы и её младшей сестры Мукуро, их влияние на академию «Кибергут» и то, как отчаяние в конечном итоге поглотило весь мир. Две временные линии — настоящее и прошлое — постепенно переплетаются, раскрывая шокирующие тайны и подводя к финальной битве за будущее человечества, где надежда сталкивается с отчаянием в последнем противостоянии.