Исчезновение Харухи Судзумии

Пропажа Харухи Судзумии кардинально отличается от всего, что происходило в предыдущих сезонах аниме. Наступают зимние каникулы, и Кён понимает, что мир вокруг него изменился до неузнаваемости. Харухи Судзумия, центр его странной жизни, бесследно исчезла, а её существование стёрто из памяти всех знакомых. Бригада SOS распалась, ведь Микуру Асахина не узнаёт его, а Ицуки Койдзу больше не является агентом «Организации». Единственный, кто помнит прежнюю реальность, — это Нагато Юки, но она стала не молчаливой и замкнутой библиотекаршей, а робкой и эмоциональной девушкой, боящейся собственной тени.

Кён вынужден разбираться в происходящем в одиночку. От новой Юки он узнаёт, что трое лет назад она исполнила своё самое заветное желание, изменив мир по просьбе некоего человека. Теперь Кён стоит перед самым сложным выбором в своей жизни: смириться с этой спокойной и безопасной реальностью, где никто не страдает от капризов Харухи, или попытаться всё вернуть, рискуя навсегда потерять шанс на обычное будущее. Ему предстоит понять, что для него на самом деле значат эти безумные полтора года и ради кого он готов действовать, когда ставкой является сама структура мироздания.